- 技術(shù)簡(jiǎn)介
- 技術(shù)流程
- CUT&Tag數(shù)據(jù)
- 技術(shù)對(duì)比
CUT&Tag（Cleavage Under Targets and Tagmentation）可以在全基因組范圍內(nèi)定位轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點(diǎn)或者組蛋白修飾發(fā)生的位置。與ChIP-Seq相比，CUT&Tag不需要甲醛交聯(lián)和免疫共沉淀的過(guò)程，而是通過(guò)靶蛋白的抗體和Protein A的介導(dǎo)，使與Protein A融合的Tn5轉(zhuǎn)座酶靶向并切割DNA，同時(shí)在序列兩端加上測(cè)序接頭，經(jīng)PCR擴(kuò)增后形成高通量測(cè)序文庫(kù)。這項(xiàng)技術(shù)的數(shù)據(jù)信噪比高，重復(fù)性好。
實(shí)驗(yàn)流程圖
細(xì)胞與ConA beads結(jié)合——細(xì)胞滲透性處理——一抗與目的蛋白特異性結(jié)合——二抗結(jié)合一抗放大信號(hào)——加入pA-Tn5與抗體結(jié)合——通過(guò)Mg2+激活轉(zhuǎn)座體，片段化目的蛋白結(jié)合的DNA，并加上接頭序列——DNA提取與擴(kuò)增-高通量測(cè)序
| 客戶提供材料 | 交付結(jié)果 |
凍存細(xì)胞：細(xì)胞數(shù)>10萬(wàn) 凍存組織：組織量>40 mg 一抗（請(qǐng)使用ChIP級(jí)別的一抗，提供未稀釋的抗體原液， 送樣前請(qǐng)將抗體的說(shuō)明書(shū)發(fā)給我們，以便安排后續(xù)實(shí)驗(yàn)） | 實(shí)驗(yàn)過(guò)程圖 高通量測(cè)序原始數(shù)據(jù) 生物信息學(xué)分析結(jié)果 |
使用CUT&Tag，鑒定H3K27me3在染色質(zhì)水平上的peaks。與ChIP-seq相比，在相同Reads條件下，兩者的Peaks一致，并且CUT&Tag的信噪比更高、背景更低。
參考文獻(xiàn)：
Kaya-Okur HS, Wu SJ, Codomo CA, Pledger ES, Bryson TD, Henikoff JG, Ahmad K, Henikoff S. CUT&Tag for efficient epigenomic profiling of small samples and single cells. Nat Commun. 2019 Apr 29;10(1):1930. doi: 10.1038/s41467-019-09982-5.
| CUT&Tag，DAP-seq，ChIP-seq技術(shù)對(duì)比 | |||
| 技術(shù)名稱(chēng) | CUT&Tag | DAP-seq | ChIP-seq |
| 實(shí)驗(yàn)?zāi)Ｊ?/span> | 體內(nèi) | 體外 | 體內(nèi) |
| 是否需要特異性抗體 | 是 | 否 | 是 |
| 樣本適用性 | 對(duì)細(xì)胞活性要求高，不兼容冷凍樣本，能夠?qū)O少量樣品進(jìn)行分析 | 各種組織器官，新鮮組織、凍存組織皆可 | 各種組織器官，新鮮組織、凍存組織皆可 |
| 信噪比 | 背景噪音低，所需測(cè)序深度少 | 噪音高，所需測(cè)序量相對(duì)較多 | 噪音高，所需測(cè)序量相對(duì)較多 |
