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酵母雙雜交系統（Yeast two-hybrid system）是將待研究的兩種蛋白質A和B的編碼DNA序列分別克隆（融合）到酵母表達質粒的轉錄激活因子（如GAL4等）的DNA結合結構域（B-BD）和轉錄激活域（A-AD）上，構建成融合表達載體，從表達產物分析兩種蛋白質相互作用的系統。

如果A和B蛋白能夠相互作用，則DNA結合域和激活域緊密靠近，使轉錄激活因子起作用，啟動報告基因（如b-半乳糖苷酶）的表達，通過檢測表達產物可以判斷相互作用的強弱。